「直接検索」はGoogleでは「直接検索数: お客様のビジネスの名前や住所を直接検索したユーザー。」と説明されておりますが、
具体的にどのようなキーワードが直接検索としてカウントされているのかは明示されておりません。
そのため、どのような検索で1000件を超えているのかを知ることはできませんが、
キーワード・クエリ分析機能にて、どのようなキーワードで店舗が検索され、
検索結果に表示されたか、どれくらいの数が検索されたか（検索数）を確認できます。
ただし、「直接検索数」「間接検索数」で計測されている「ビジネスを検索する方法」の数値と、
キーワード・クエリ分析機能にて表示される検索数は計測ロジックが異なりますので、
参考程度にご覧いただけますと幸いです。